首先，收取车辆通行票费具有法律法规授权，《中华人民共和国公路法》第五十九条、《收费公路管理条例》第七条，都对我市收取车辆通行费有明确的法律规定和授权。

其次，采取年票制作为收取车辆通行费的一种方式，《广东省公路条例》第三十四条已对我市试行年票制进行了省地方性法规的授权，同时东莞市实施车辆通行费年票制也在程序上也取得广东省人民政府的批准。

最后，实施年票制仅是依法收取车辆通行费的一种方式，并非是在法律规定之外附以车主额外的义务，其主要目的是简化车主缴纳车辆通行年票费的程序，以贯彻实现行政执法便民原则。

因此东莞市收取车辆通行年票费是合法的，虽然东莞市委市政府为配合国家供给侧改革的重要部署，决定在2017年1月1日起停止收取2017年及以后年度的年票费，但继续收取之前年票费的法律依据是充分的。